Bölüm, öğrencilerinin farklı beceriler ile donanımlı olarak mezun olabilmeleri için değişik sertifika programları uygulamaktadır.
Lisans öğrencilerinin Bölüm Araştırma Laboratuvarları’nda 40 iş günü çalışarak hak kazandıkları Araştırma Deneyim Sertifikası’nı bugüne kadar toplam 138 öğrenci almıştır. Üç öğrenci ise Ege Bölgesi Sanayi Odası ve Ege Üniversitesi arasındaki bir protokolle sürdürülen, 2000 saat bir sanayi kuruluşunda çalışarak hak edilen Sanayi Deneyim Sertifikası’na hak kazanmıştır. Ayrıca, belirli aralıklarla değişik kurum ve kuruluşlarla işbirliği içinde, Sertifika Programları düzenlenmektedir. Bunlar arasında, “Polimer Kimyası”, “Kalite Sistemleri”, “Biyoreaktör Tasarımı”, “Doku Mühendisliği Hücre Kültürü Teknikleri”, “Kök hücre Uygulamaları”, “Hücre Kültürüne Bağlı Moleküler Uygulamalar”, “Workshop on Plant Product Chemistry (NMR ile Yapı Tayini)” bulunmaktadır. Bugüne kadar toplam 300 öğrenci bu programlardan yararlanmış ve ilgili konularda sertifika almaya hak kazanmıştır.
Bunların yanı sıra; 2011 - 2012 güz döneminden itibaren her dönem başında, Biyomühendislik Bölümü lisansüstü programlarına kaydolmuş öğrenciler için zorunlu olan “Lisansüstü Oryantasyon Semineri” düzenlenmektedir. 25 - 27 Eylül 2013 tarihlerinde LOOP - EGE Marka adı ile üçüncüsü düzenlenen Lisansüstü Oryantasyon Seminer Programı, Fen Bilimleri Enstitüsü ana bilim dallarını kapsayacak şekilde genişletilmiştir. Amacı, araştırmacı adaylarına çalışmalarında yardımcı olacak bilgilerin yanı sıra, patent alma, yayın yazma, laboratuvar kurallarına uyma, bilimde etiğin gerekliliklerini kavrama konularında temel bilgileri vermek olan program her dönem başında tekrarlanmakta, programa tam katılım sağlayan öğrencilere sertifika verilmektedir. Eylül 2012 ve Eylül 2013’te düzenlenen kurslar sonunda toplam 175 öğrenci sertifika almaya hak kazanmıştır. Ayrıca, Bölüm’ün Ege Üniversitesi’nde her yıl Orta öğretim Öğrencilerine yönelik düzenlenen “Bilim Haftası Etkinlikleri”nde de önemli düzeyde katkısı bulunmaktadır.
