Araştırma Grubu Liderleri:
Prof. Dr. M. Bahattin TANYOLAÇ
Doç. Dr. Duygu ATEŞ
Genel Bilgiler
Laboratuvarımızda bitki genetiği ve moleküler genetik alanlarında temel ve uygulamalı araştırmalar yürütülmektedir. Çalışmalar, bitkilerde genetik varyasyonun ortaya konması, ekonomik öneme sahip özelliklerle ilişkili gen ve genom bölgelerinin belirlenmesi üzerine odaklanmaktadır. Moleküler düzeyde DNA ve RNA izolasyonu, PCR temelli analizler ve yüksek çözünürlüklü moleküler karakterizasyon çalışmaları rutin olarak uygulanmaktadır. SNP başta olmak üzere farklı DNA markör sistemleri kullanılarak genom haritalama, bağlantı haritaları oluşturma ve ilişki haritalaması (association mapping) analizleri gerçekleştirilmektedir. Genom boyu ilişkilendirme çalışmaları (GWAS) ile fenotipik varyasyonun genetik temelleri ortaya konmakta; aday genlerin tahmini biyoinformatik yaklaşımlarla yapılmakta ve moleküler düzeyde doğrulamaları gerçekleştirilmektedir. Laboratuvarımızda fenotipik varyasyonun istatistiksel analizi, özellikler arası korelasyonların belirlenmesi ve popülasyon yapısının incelenmesi, biyoistatistik ve ileri veri analizi yöntemleri ile desteklenmektedir. Ayrıca patojenite testleri ile hastalık etmenlerine karşı dayanıklılık mekanizmaları deneysel olarak değerlendirilmektedir. Yeni nesil sekanslama teknolojileri kullanılarak genom ve transkriptom analizleri yürütülmekte; karşılaştırmalı genomik yaklaşımlar ile türler ve genotipler arası farklılıklar detaylı biçimde incelenmektedir. Genetik varyasyonların kapsamlı analizi ve popülasyon genetiği çalışmaları laboratuvarın temel araştırma altyapısını oluşturmaktadır. Laboratuvarımızda moleküler düzeyden fenotipe uzanan çok katmanlı veri entegrasyonu sağlanmakta ve bitki ıslahı, genetik kaynakların değerlendirilmesi ve sürdürülebilir tarımsal üretim hedeflerine yönelik bilimsel altyapı oluşturulmaktadır.
Çalışılan Konular
- Mercimekte (Lens culinaris medic.) çiçeklenme zamanını kontrol eden genlerin haritalanması ve kantitatif trait locus (QTL) analizi
- Mercimek (Lens culinaris L.) genomunun nucleotide binding site (NBS) Profiling ve tek nükleotid polimorfizmi (SNP) belirteçleri ile haritalanması.
- Mercimekte rekombinant kendilenmiş hatları kullanarak danede besin elementi içeriğini kontrol eden QTL lerin genomda haritalanması
- Safranda zenginleştirilmiş genomik DNA kütüphanelerinden tSSR belirteçlerinin geliştirilmesi, yeni nesil sekanslama metodu ile safran ve akraba türlerinin kloroplast DNA'sının sekanslanması, kloroplast DNA sekansları ile SSR belirteçlerinin filogenetik analizlerde kullanılması
- İlişki Haritalaması yöntemi ile doğal popülasyonda agronopmik özellikleri kontrol eden genlerle ilişkili markörlerin saptanması
- Solaneceae familyası Fusarum spp lerin genomlarının yeni nesil sekanslama sistemleri ile sekanslanması
Başlıca Projeler
- TÜBİTAK 1001 - Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Projelerini Destekleme Programı Proje No: 222O091, Proje Adı: Mercimek (Lens culinaris Medikus subsp. culinaris)’te Fusarium (Fusarium oxysporum f.sp. lentis) etmenine dayanıklılığı kontrol eden genlerle ilişkili SNP markörlerinin Genome Wide Association Studies (GWAS) ve whole exome sekanslama yolu ile saptanması ve bu etmene dayanıklı genotiplerin belirlenmesi, Proje Yürütücüsü: Prof. Dr. M. Bahattin Tanyolaç
- TÜBİTAK 1001 - Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Projelerini Destekleme Programı, Proje no: 118O840, Proje adı: Nohut (Cicer arietinum L.)’ta Fusarium oxysporum f. sp. ciceris (Foc)’e Dayanıklılığı Kontrol Eden Genlerle İlişkili SNP Markörlerinin Association Mapping ile Saptanması ve Dayanaklılıkla İlgili Yeni Genetik Kaynakların Belirlenmesi, Proje yürütücüsü: Prof. Dr. M. Bahattin Tanyolaç
- TÜBİTAK 1001 - Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Projelerini Destekleme Programı, Proje no: 122O796, Proje adı: Ceviz (Juglans regia)’de Antraknoz (Ophiognomonia leptostyla) Hastalığına Dayanıklılık Genleri ile İlişkili SNP Markörlerinin Exom Capture Array ve GWAS Yolu ile Geliştirilmesi, Proje yürütücüsü: Doç. Dr. Duygu Ateş
- Uluslararası AB Destekli Proje, Proje no: 144O866, Proje adı: Domates, Biber ve Patlıcanda Patojen Fusarium oxysporum İzolatlarının Yeni Nesil Sekanslama Yöntemi ile DNA Sekans Bazında Karşılaştırmalı Tüm Genom Analizini Kullanarak Genetik Çeşitliliğinin Belirlenmesi, Filogenetik İlişkilerin Değerlendirilmesi, Proje yürütücüsü: Prof. Dr. M. Bahattin Tanyolaç
- EGE BAP – Bilimsel Araştırma Projeleri, Çok Disiplinli Öncelikli Alan Araştırma Projesi, Proje no: 23253, Proje adı: Yabani (C. reticulatum) Ve Kültür Nohut (C. arietinum L.)’larında Fusarium oxysporum f. sp. ciceris‘in 0 Nolu Irk Etmenine Karşı Dayanıklılık Genlerinin RNA-Seq İle Karşılaştırmalı Transkrıptom Analizi, Proje yürütücüsü: Doç. Dr. Duygu Ateş
- TÜBİTAK 1002 – A Hızlı Destek Modülü, Proje no: 122O658, Proje adı: Cevizde (Juglans regia L.) Demir, Çinko, Fosfor ve Potasyum Elementlerinin Konsantrasyon Seviyesini Kontrol Eden Genlerle İlişkili SNP Markörlerinin GWAS metodu ile Saptanması, Proje yürütücüsü: Doç. Dr. Duygu Ateş
