Moleküler Modelleme ve İlaç Tasarım Laboratuvarı

Araştırma Grubu Lideri: Dr. Öğr. Üyesi Süleymen Selim ÇINAROĞLU

Web Sayfası: https://cinaroglulab.github.io/

Laboratuvar Tanımı:

Moleküler Modelleme ve İlaç Tasarım Laboratuvarı, ilaç keşfi ve moleküler düzeyde biyolojik sistemlerin anlaşılmasına yönelik hesaplamalı yaklaşımların geliştirilmesine odaklanmaktadır. Laboratuvarımız; hesaplamalı kimya, moleküler modelleme, yapay zekâ (AI) ve biyofizik disiplinlerini entegre ederek biyomoleküler etkileşimleri incelemeyi ve yeni terapötik bileşiklerin rasyonel tasarımını hedeflemektedir.

Araştırma Konuları:

• Moleküler Modelleme ve Simülasyonlar
  Biyomoleküler sistemlerin atomistik düzeyde davranışlarını anlamak amacıyla moleküler dinamik (MD) simülasyonları, moleküler docking ve serbest enerji hesaplamaları yürütülmektedir.
• Bilgisayar Destekli İlaç Keşfi (CADD)
  Yapı-temelli ve ligand-temelli yaklaşımlar kullanılarak, hit belirleme ve lead optimizasyonu için hesaplamalı boru hatları geliştirilmektedir.
• Yapay Zekâ Tabanlı İlaç Tasarımı
  Makine öğrenmesi ve AI tabanlı modeller kullanılarak docking protokollerinin iyileştirilmesi, biyolojik olarak aktif moleküllerin tahmini ve sanal tarama süreçlerinin verimliliğinin artırılması hedeflenmektedir.
• Çok Ölçekli Simülasyonlar
  Kuantum, atomistik ve kaba taneli (coarse-grained) simülasyon yaklaşımları bir arada kullanılarak protein-ligand ve protein-nanomaterial etkileşimleri incelenmekte; yeni biyomalzemelerin ve terapötik stratejilerin tasarımına katkı sağlanmaktadır.
• Host–Guest Kimyası ve Termodinamik Hesaplamalar
  Bağlanma afinitelerinin öngörülmesine yönelik veri setleri ve hesaplamalı yöntemler geliştirilmekte; ilaç tasarımında kritik öneme sahip kovalent olmayan etkileşimler detaylı olarak analiz edilmektedir.

Seçilmiş Yayınlar:

Çınaroğlu, S.S. & Biggin, P.C. (2023) J. Chem. Inf. Model. 63, 6095–6108.
Çınaroğlu, S.S. & Biggin, P.C. (2023) Chemical Science 14, 6792–6805.

Gorgulla et al. (2023) bioRxiv, 2023-04.

Çınaroğlu, S.S. & Timuçin, E. (2020) Briefings in Bioinformatics 21, 2112–2125.

Çınaroğlu, S.S. & Biggin, P.C. (2021) J. Phys. Chem. B 125, 1558–1567.

Gorgulla et al. (2021) Int. J. Mol. Sci. 22, 5807.

Çınaroğlu, S.S. & Timuçin, E. (2019) J. Chem. Inf. Model. 59, 3846–3859.